Arbre de parenté du monde vivant

Lors de mes études en agronomie en 1976, nous abordions encore la classification selon K von Linné. Mais déjà on constatait les premières modifications à apporter à cette classification.

La découverte de l'ADN date du 25 avril 1953, lors d' un article de James Watson et Francis Crick publié dans la revue Nature révolutionne la biologie et la médecine et qui démontre la structure à double hélice de l'acide désoxyribonucléique (ADN), permettant de comprendre l'ensemble du fonctionnement génétique d'êtres vivants.

Il faudra cependant attendre 1977 pour avoir le premier séquencage.
Et encore en 1977, il fallait plusieurs mois, grâce à une toute nouvelle technique, pour décrypter les onze gènes d'un petit virus de bactérie.
Actuellement, les séquenceurs analysent un génome humain en quelques heures.

Après une brève introduction de la phylogénétique j'aborderai un peu plus en détail les arbres de parenté des végétaux, des insectes, des oiseaux et des mammifères.



La théorie de l’évolution constitue une grande théorie unificatrice qui a permis de faire converger les différents champs de la connaissance du vivant depuis le niveau moléculaire jusqu’à celui des populations et des écosystèmes.

On dispose aujourd’hui de preuves scientifiques issues indépendamment de la géologie, de la paléontologie et de la biologie qui démontrent que la vie a une histoire, longue d'environ 3,8 milliards d’années, et que tous les êtres vivants dérivent d’une origine commune et ont évolué au cours des temps géologiques. Aucune donnée scientifique n'est venue jusqu'ici remettre en cause ces notions fondamentales d'origine commune et d’évolution du vivant et elles ne sont plus contestées aujourd’hui dans le monde scientifique.

L'identification de relations de parenté évolutive entre les êtres vivants permet de construire un arbre généalogique du vivant ou arbre phylogénétique. En assignant à chaque espèce une place dans la classification du vivant en fonction de ses relations de parenté avec les autres espèces, la classification est devenue une classification phylogénétique.

La connaissance de plus en plus précise de l'information génétique des êtres vivants apportée notamment par le séquençage des génomes a permis de confirmer solidement la notion d'évolution et d'affiner les connaissances provenant d'autres disciplines scientifiques, comme l'étude des fossiles.


La phylogénétique a de nombreuses applications en biologie, notamment en écologie, en taxonomie et en évolution. Elle permet de mieux comprendre l'histoire évolutive des espèces et de prédire leur évolution future. Elle est également utilisée pour résoudre des problèmes pratiques, comme la lutte contre les maladies infectieuses ou la conservation des espèces menacées.

Exemple de différences de classification avec la classification classiqueReptiles et Oiseaux

Le mot «Reptile» ne veut rien dire en classification phylogénétique: en effet, les Crocodiles sont beaucoup plus proches des Oiseaux que des Lézards ou des Serpents.

Bien qu'ils ne se ressemblent pas à première vue, Crocodiles et Oiseaux ont en effet beaucoup de points communs: par exemple, leur cœur possède, comme le nôtre, une cloison qui empêche le mélange du sang riche en dioxygène, provenant des poumons, et du sang riche en dioxyde de carbone, provenant des organes, ce qui n'est pas le cas des Lézards ou des Serpents. L'estomac des Oiseaux et celui des Crocodiles est également doté d'une poche appelée gésier, et qui sert à broyer la nourriture (ni les Oiseaux, ni les Crocodiles ne sont capables de mâcher: leur mâchoire ne leur sert qu'à attraper leur nourriture. Le gésier permet donc de remplacer la mastication de la nourriture, avant qu'elle n'arrive à l'estomac).

En classification phylogénétique, il faut donc placer les Oiseaux dans le groupe des Reptiles, qui, du coup, ne s'appelle plus Reptile, mais Sauropsides:

La taxonomie est une branche des sciences naturelles qui a pour objet l'étude de la diversité du monde vivant. Cette activité consiste à décrire les organismes vivants et à les organiser en catégories hiérarchisées appelées taxons. 

La reconnaissance de ces catégories repose sur la pertinence de leur description, l'attribution d'un nom et leur classement.

La taxonomie contemporaine repose désormais sur une conception fondamentalement évolutive via le recours à la génétique des populations pour en mettre en évidence l'existence de nouvelles espèces.

La classification traditionnelle repose sur une hiérarchie fixe de catégories (les rangs de taxon), définie de la façon suivante:


Je m'interesse donc principalement aux végétaux, aux insectes, aux oiseaux et aux mammifères